Kenapa

Ini mungkin artikel yang sudah basi kali ya, mungkin sebagian dari kalian juga udah tahu yaa. . jadi untuk yang belum tahu saja dan yang masih bingung. masa' Itachi membantai Klan nya sendiri dan malah dibela Naruto dan dianggap baik?  sedikit gak masuk akal memang.
  sebenarnya alasannya begini:

> Kenapa Itachi membantai Klan Uchiha dan dianggap melindungi Desa?
=> Karena Itachi lebih memimilih untuk berpihak kepada desa Konoha.

Pada saat itu klan Uchiha akan mengadakan kudeta/perang kepada desa Konoha. Itachi sebagai mata-mata dari kedua belah pihak (Uchiha dan Konoha) di beri 2 pilihan yang sulit oleh Danzo, yaitu :
1. Berpihak kepada klan Uchiha, dan berperang dengan desa Konoha.
2. Berpihak kepada desa Konoha, dan membantu desa Konoha melenyapkan klan Uchiha.
Di tambah, jika Itachi memilih untuk berpihak kepada desa Konoha, Danzo akan membiarkan Sasuke hidup.
sumber

=====

Itachi memutuskan untuk berpihak kepada desa Konoha untuk membantai semua Klannya, kecuali adik yang paling dia sayangi, yaitu Sasuke.

> Bagaimana Itachi dapat dianggap Protagonis (baik)?
=> Karena Itachi rela kehilangan segalanya, bahkan hati nuraninya hanya untuk melindungi desa Konoha dan Sasuke. Di tambah, dia rela dirinya di cap sebagai ninja penghianat oleh penduduk desa. Padahal Itachi membunuh semua anggota klannya demi melindungi desa Konoha dan Sasuke.

Untuk lebih jelasnya, kamu bisa baca manganya chapter 590.
Di chapter tersebut di jelaskan secara detail jawaban dari pertanyaanmu ini.